塞舌尔海关隶属于该国财政部税务局。

塞政府鼓励企业出口，故对于出口只登记，不征税。塞政府对进口实行配额加许可证制度。由于近年来塞外汇短缺每况愈下，对非生活必需品进口进行总量（额度）控制。塞海关负责进口商品的征税统计业务。进口商品入关（准许在海关仓库免费存放7天，以后按每日300卢比课以罚款）后，塞商人均须如实报关纳税，塞海关按申报单对货物品种、数量和纳税进行核查，如无不符现象即予放行，通关手续一般比较简便。

塞舌尔商品出口无需缴纳关税。塞进口关税计征标准为：

牲畜：15%。肉类：25%。水产品：100%（塞国不生产的，如淡菜、墨斗鱼等为25%--50%）。牛奶及奶油：0%（但加工后的奶制品，如酸奶则为100%）。蛋类：100%（但孵化用蛋为15%）。主要蔬菜，如土豆、洋葱、番茄，胡萝卜等为0%， 其它为25%，部分为50%（如茄子、菠菜等）。干鲜水果：25 ?50%（只有鲜苹果为0%）。咖啡和茶：50% 。粮食（除碎米为0%、长籼米为10%外）：25% 。食油：25%（但豆油、橄榄油、棕榈油等为15%）。食糖：25%。饼干：200%。水果加工区：50%。果汁：100%。冰激凌：200%。家电：50%。布匹：5%。成衣：（男）50?75%、（女）25?50%。建材：15%。钢铁：25%。手工工具：5%。电动工具：15%。陶瓷：25%（艺术陶瓷为200%）。石油；5%。石化产品：50%。化肥：5%。医药品：15%。矿泉水：5%。葡萄酒：50卢比/升。烈性酒：150卢比/升。啤酒；25卢比/升。烟花爆竹：200%。烟草：200%。汽车：轿车：（汽油）1100CC以下为100%、1100?1600CC为125%、1600?1800CC为150%、1800CC以上为200%。轿车：（柴油）1500CC以下为100%、1500---2500CC为125%、2500CC以上为150%。货车（柴油）：8000CC以下为75%、3000--20000CC为50%、20000CC以上为15%。摩托车：50---250CC为50%、250CC以上为100%。自行车：25%。车辆配件：5%等等。塞舌尔禁止和限制进口的商品主要有：肉类，鱼虾、乳制品、食用根茎、水果、咖啡、茶、咖喱、调味品、大米、植物油、植物黄油、肉类及水产加工品、食糖、半成品及冷冻蔬菜、水果蔬菜汁、酱油、辣椒酱、干冰、矿泉水、石油、沥青、石油气、无机和有机化学品、肥皂、农药、卫生纸、人造花、卫星天线、机动车、稀有动物制品、武器、装备、危险品、鱼枪、黄色刊物、烟花爆竹、火药、工业酒精、剧毒品、化学药品、放射物品等。以上商品或由塞政府有关部门直接进口或通过塞市场管理局（SEYCHELLES MARKETING BOARD SMB）统一进口。